La storia di questo Comune è molto articolata ed ha inizio con Galla, figlia di Simmaco (consigliere del re dei Goti Teodorico), la quale costruì nella "Massa Cornicle, quae vulgo dicitur Septimiliana" , appartenente alla diocesi "Forum Novum", una basilica in onore di San Valentino vescovo. Alcuni autori hanno ipotizzato una "Gens Septimia" quale proprietaria della "villa" che poi ha costituito, di fatto, il nucleo originario del Comune di Stimigliano. Comunque le epigrafi romane conosciute datano la villa intorno al I-II secolo d.C.

Successivamente l'antico possedimento agricolo è diventato un "Pagus", cioè un piccolo villaggio, che si è arroccato ad un centro meglio difeso capace di garantire una protezione. Del resto, la Sabina dal VII al X secolo era abitata soltanto da sparsi villaggi o casali che venivano assaltati o distrutti dai vari dominatori. In particolare i longobardi dominarono a lungo su questa terra costituendovi anche un Ducato (il Ducato di Spoleto). Il territorio di Stimigliano era comunque compreso nel patrimonio della chiesa di "Forum Novum". Il "Castrum Stimiliani" deriva certamente da quel movimento di aggregazione di popolazione noto come "incastellamento". Dopo le esperienze della libertà comunale, Stimigliano nel 1368 venne concesso in feudo dalla Chiesa ai figli di Giordano Orsini. Questa, come altre grandi famiglie quali i Savelli e i Colonna, riuscirono, nel tempo, a creare uno stato nella Sabina e nella Tuscia sempre, però, soggetti alla sovranità della Chiesa.

Certamente Stimigliano, per la sua felice posizione geografica, rappresentava un feudo importante. Dopo alterne vicende, sempre strettamente legate alle mutevoli fortune degli Orsini, Stimigliano tornò alle dirette dipendenze della Camera Apostolica nel 1604, anno della morte del marchese Enrico Orsini. La vita sociale stimiglianese al tempo di Enrico Orsini era regolata da un codice di leggi locali fortunatamente ancora conservato. Nel XVIII secolo i Conti Negroni, nuovi proprietari del Palazzo, apportarono ulteriori modifiche alle strutture architettoniche della loro residenza che è rimasta praticamente immutata anche dopo l'acquisto effettuato dalla famiglia Bartoli nel 1832. E' da ricordare che il "palazzo baronale di Stimigliano, già degli Orsini, allora del conte Negroni" fu, per alcuni anni, sede del governo della Sabina Tiberina. Il prelato aveva il titolo di Preside generale. Le successive vicende storiche di Stimigliano sono quelle comuni a molte località italiane che vanno dal dominio francese in epoca nopoleonica, all'annessione col Regno d'Italia, alla partecipazione alla lotta partigiana, alla costituzione del Comitato di Liberazione in data 6 gennaio 1944.

Attualmente si entra in Stimigliano passando da una porta ad arco a tutto sesto e, poco avanti, sulla sinistra è ancora possibile vedere il portale bugnato cinquecentesco di ingresso al palazzo Orsini. Sull'architrave un verso di Virgilio. All'interno del medesimo palazzo, ampliato e abbellito da Enrico Orsini, vi sono le sale riccamente decorate con affreschi eseguiti dagli Zuccari o, più probabilmente, da uno dei loro allievi. La cappella gentilizia, sita nel cortile d'armi, dedicata a S. Giuseppe, è ornata da stucchi e pitture dell'arte manieristica tardo cinquecentesca. I locali sotterranei, scarsamente illuminati, erano ovviamente destinati alle necessità di immagazzinamento dei prodotti utili alla sopravvivenza. Il borgo medioevale, raccolto intorno al centro di potere, si sviluppa con una "planimetria longitudinale" seguendo e sfruttando le possibilità offerte dalla sommità della collina, lungo un’unica strada principale da cui si dipartono i vicoli. In fondo alla strada principale, dove ora è la casa comunale, si trovava l'antica chiesa parrocchiale.

La chiesa parrocchiale, ubicata di fronte all'antico borgo medievale, è dedicata ai SS.Cosma e Damiano. Costruita nella prima metà del 1600 è strutturata con aula a tre navate. La chiesa, ora ampiamente rimaneggiata, conserva all'interno un dipinto su tela, esposto nell'altare destro del presbiterio, e raffigura "Gesù deriso", opera di uno sconosciuto seguace sella scuola caravaggesca. Dalla sommità della collina, là dove è situata, recentemente ricostruita, l'antichissima chiesa di S. Valentino, già collegiata, si può osservare il Vescovio. La "Forum Novum " romana in cui sono raccolti i resti archoelogici riportati alla luce. In località "Nocchieto" si trova la chiesa dedicata alla "Madonna della Strada" profondamente venerata dalla popolazione. Nella chiesa, di recente, sono riapparsi, nel corso di alcuni saggi, affreschi databili intorno alla seconda metà del '500; opera probabile dei medesimi autori delle pitture ancora visibili nel palazzo Orsini. 

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